但生产型UVI系统的后期维护，对技术的要求较高。UVI模式系统中，微生物多样性受人为控制因素（PH、T 、DO）的影响而受到破坏，因而，UVI系统需要根据水质理化指标向系统中加入微生物制剂，以维持微生物的多样性来确保营养物质的有效矿化。此外，部分有机物质在沉淀之后被排放到了系统之外，而溶解于水体当中的有机物质满足不了植物生长对营养的需求，这导致了UVI系统早期植物缺素的生理异常，同时养殖水体酸等一系列问题都需要技术维护来保持系统的生态平衡。
鱼菜共生系统实现养鱼不换水而无水质忧患，种菜不施肥而正常成长的生态共生效应，产出绿色无污染的健康农产品。可从多方面降低生产成本，提高经济效益：水面种菜水下养鱼的模式降低了生产成本；水培蔬菜净化鱼类生长环境，鱼发病少，减少渔药和调水剂的使用量，养殖成本降低；与传统土壤栽培比，系统的水培种植不需土地翻耕、起垄、施肥、浇水、除草等劳作，有效降低人力成本；水培蔬菜的生产周期的时间较长，可实现多茬收割，增加蔬菜收获总量。
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